Si se iguala una lista a otra, no se está creando una nueva lista con los valores de la anterior, si no que estás creando un nuevo nombre para la misma lista.
Voy a poner un ejemplo donde se ve claramente:
l1 = []
l1.append('1')
l1.append('2')
l2 = l1
l2.append('3')
print l1
>> ['1', '2', '3']
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